El navarro comenzó su carrera como técnico en 2002 como ayudante de Javier Aguirre en el primer equipo de Osasuna y posteriormente estuvo otras tres campañas en las categorías inferiores del club de Pamplona.
En la temporada 2006-2007 dio el salto al primer equipo rojillo, con el que, tras caer eliminado en la previa de la Liga de Campeones por el Hamburgo, alcanzó su mayor hito europeo de la historia de Osasuna al jugar las semifinales de la Copa de la UEFA, en las que fue eliminado por el Sevilla.
En su segunda temporada en El Sadar, Osasuna se salvó del descenso en la última jornada y fue destituido tras la sexta de su tercera campaña, la 2008-2009.
En total dirigió al conjunto pamplonés en 104 partidos oficiales: 82 de Liga, 2 de Liga de Campeones, 14 de Copa de la UEFA y 6 de Copa del Rey.
En la 2009-2010 se hizo cargo del Xerez en el que fue el estreno del conjunto gaditano en Primera División, aunque no pudo acabar el año ya que fue destituido en el mes de enero. En Chapín dirigió un total de 19 partidos, 17 de Liga y 2 de Copa.
Después de un año sabático, Ziganda se incorporó al Athletic en el verano de 2011 de la mano del recién elegido presidente Josu Urrutia para hacerse cargo del Bilbao Athletic, al que ha dirigido durante las seis últimas campañas en un total de 242 partidos.
Su mayor éxito, además de los jugadores formados bajo su tutela que han dado el salto a primer equipo en estos años, fue el ascenso a Segunda División en la temporada 2014-2015, categoría que el filial rojiblanco no pudo mantener.
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