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Vuelo Palma-Maó (17-2-1990)
El 17 de febrero de 1990 el avión 'Castillo de Argüelles' que cubría la línea de Palma a Maó sufrió un accidente al aterrizar. El aparato chocó contra el suelo de la pista y no hubo víctimas mortales. Algunos pasajeros formularon denuncias en los juzgados. El avión fue desmantelado y se tardaron años en conocer las posibles causas del accidente.

Salida de pista (6-6-1989)
El 6 de junio de 1989 una avioneta de la empresa «Aeromarket Express», procedente de Maó, se salió de la pista principal del aeropuerto de Son Sant Joan por un un fallo en el tren de aterrizaje. Tampoco hubo víctimas mortales.

Despegue fallido (5-1-1991)
A las ocho de la mañana del cinco de enero de 1991 un avión DC-3 de la compañía Aeromarket, en el que sólo viajaban el comandante y el copiloto, sufrió un accidente sin heridos en el aeropuerto de Son Sant Joan. El accidente se produjo cuando el aparato se disponía a despegar. El avión se dedicaba al transporte de carga.

Puig Major (30-12-1991)
Los dos ocupantes de una avioneta modelo Cesna-150 sufrieron lesiones de distinta gravedad al caer el aparato en una zona próxima al Puig Major, en concreto en sa Coma des Asses, entre el embalse de Cúber y es Puig Major.

En Inca (16-2-1992)
Una avioneta con tres personas a bordo se vio obligada a efectuar un aterrizaje de emergencia el 16 de febrero de 1992. El aparato procedía de Girona y el aterrizaje se llevó a cabo en un campo donde pastaban ovejas, perteneciente al término municipal de Inca. Los tres ocupantes, varones jóvenes, salieron ilesos.

Dos muertos (2-3-1993)
El dos de marzo de 1993 un avión DC-3 de la compañía Aeromarket se estrelló cuando se disponía a despegar de Son Sant Joan. La nave estaba pilotada por Alberto García Corrochano y el copiloto era José Manuel Plaza Campos. Ambos fallecieron. Nada más iniciarse la maniobra de despegue uno de los motores de la nave, que transportaba paquetería, se incendió. El aparato se salió de la pista hacia la derecha y arrastró en su trayecto a varios vehículos.

Un Harrier (13-5-1994)
Un avión militar Harrier de despegue vertical que formaba parte de la dotación del portaaeronaves de la Armada Española 'Príncipe de Asturias', cayó al mar el 13 de mayo de 1994 tras sufrir un accidente cuando se encontraba volando a 10 millas al sur de Cabrera. El tripulante del avión, el teniente de navío Federico García Castro, resultó ileso ya que logró eyectarse del aparato y cayó al mar en paracaídas.

En Bon Sosec (8-6-1996)
El ocho de junio de 1996 una avioneta de Sefobasa que acababa de despegar de Son Bonet comenzó a perder potencia y altura. Sus dos ocupantes salieron ilesos del accidente después de conseguir un aterrizaje de emergencia en un campo, a unos 100 metros del cementerio de Bon Sosec.

En un campo (12-2-1997)
Los dos tripulantes de una avioneta de carga de la empresa Symbol resultaron heridos el 12 de febrero de 1997 al tomar tierra el aparato fuera de la pista, en un campo próximo al aeropuerto de Son Sant Joan. El siniestro provocó la lógica alarma y el aparato quedó detenido cerca de las viviendas de Son Banya. Las condiciones meteorológicas fueron al parecer las causantes de lo ocurrido.

«Jim Oliver» (6-12-1997)
Jaime Oliver Frontera, conocido popularmente en Mallorca como «Jim Oliver», sufrió un aparatoso accidente de avioneta en las inmediaciones de Son Bonet, cuando pilotaba en compañía de un familiar, que también resultó herido. Jim, boxeador y luchador de fama europea, sufrió lesiones gravísimas cuando el aparato se precipitó contra la finca de Can Diego, en Marratxí. Las dos víctimas quedaron atrapadas en la cabina y fue necesaria la intervención de los bomberos para liberarlos. Jim, de 70 años de edad, ingresó en Son Dureta en estado crítico, mientras que el otro tripulante tuvo más suerte y recibió el alta a los pocos días. Los médicos tuvieron que amputarle una pierna y semanas después falleció.

Emergencia (21-11-2001)
El 21 de noviembre de 2001 un avión de carga de la empresa Tadair, procedente de Maó, efectuó un aterrizaje de emergencia en la pista sur del aeropuerto de Palma sin que se registraran daños personales entre los dos tripulantes del aparato.