Ventas, recompras, cambios en el accionariado. Esta década ha dado para mucho, pero a pesar de los problemas que aparecerían, la temporada 06-07 estuvo marcada por una cierta tranquilidad a todos los niveles.
Ese año el equipo entrenado por Gregorio Manzano consiguió el récord de victorias consecutivas jugando como local en Primera División. Elevó el listón hasta alcanzar los siete triunfos seguidos. Esa misma campaña, y después de los problemas padecidos para mantener la categoría el año anterior, el equipo acabó en una cómoda 12ª posición.
La temporada siguiente, la 07-08, un nombre sobresalió sobre el resto en el club mallorquinista: Daniel González Güiza. El andaluz, que vivía su segunda etapa como jugador bermellón, rompió todos los registros goleadores de un futbolista vistiendo la camiseta del Mallorca en Primera División. Ese año anotó 27 tantos, erigiéndose en máximo anotador de la liga española y consiguió la Bota de Plata. Solo Cristiano Ronaldo, por aquel entonces en el Manchester United, anotó más goles (31) que él en las grandes ligas europeas. Esta gran campaña le serviría para ser convocado con España para disputar la Eurocopa de Austria y Suiza, título que finalmente conseguiría.
Temporada 2008-2009
La campaña 08-09 arrancó con al traspaso de Güiza al Fenerbahce y con un terremoto institucional. Vicenç Grande, hasta ese momento presidente, y en problemas por la entrada en concurso de acreedores de su empresa, el Grup Drac, dimitió de su cargo tras verse frustrada la venta del club a Paul Davidson, un empresario inglés. Tras este hecho asumió la responsabilidad Joaquín García, pero al poco tiempo acabo accediendo a la presidencia Mateu Alemany. Su aterrizaje se completaría la temporada siguiente (09-10) con la compra del paquete accionarial de Grande. El club estuvo en sus manos poco tiempo. Ese mismo año el Mallorca cayó en poder de los Martí Mingarro, que adquirieron el club. A pesar de sus buenas palabras, no pudieron cumplir con la gestión. Con esta situación de caos institucional, los Martí Mingarro decidieron deshacer el acuerdo de venta el día 11 de octubre de 2009, y el club retornó a manos de Mateu Alemany. El conflicto terminó en los tribunales y Martí Asensio fue condenado a prisión por un delito de estafa.
