La retahíla de éxitos que cosechó el Mallorca en esta década, alguno en forma de título como la Supercopa de España de 1998, no se entenderían sin el ascenso de Vallecas. El club bermellón regresó a la élite del fútbol español tras una inolvidable promoción que le enfrentó al Rayo Vallecano, del que se pudo vengar tras el varapalo de la temporada anterior. Los protagonistas del partido del ascenso, con Llompart al mando, en tierras madrileñas fueron los siguientes: Kike; Olaizola, Marcelino, Barbero, David; Jose Manuel (Gálvez), Soler, Galca, Carreras (Obiku), Carlitos y Stankovic (Copado).
A partir de este momento, ya nada sería igual en el Mallorca. Para la temporada del retorno a Primera, el club confió su suerte en un técnico desconocido en nuestro país: Héctor Raúl Cúper, que venía de conseguir con el Lanús de su Argentina natal la Copa Conmebol. Una apuesta arriesgada en aquella época pero que al final resultó ser un absoluto acierto. Durante esa temporada el equipo consiguió meterse en la final de Copa del Rey, donde cayó en la tanda de penaltis ante el Barcelona en Mestalla. A pesar de ello se convirtió en un símbolo contemporáneo del mallorquinismo. El once que hizo soñar al Mallorca con su primer título copero fue el siguiente: Roa; Olaizola, Marcelino, Iván Campo, Romero; Mena, Engonga, Valerón, Stankovic; Amato y Ezquerro. A pesar de la derrota el equipo creció. El verano de ese año pudo ajustar cuentas con el Barça, ya que le derrotó en la Supercopa de España y así inauguró sus vitrinas.
Debut europeo
Esa misma temporada, la 98-99, el equipo debutaba en competición europea. Lo hacía en la ya extinta Recopa y por la puerta grande. El equipo se plantó en la final de Birmingham para enfrentarse al todopoderoso Lazio. Las cosas no fueron bien, ya que el Mallorca no pudo con los italianos (2-1) pero, como había ocurrido con la final perdida de Copa, la derrota fue posteriormente parte del éxito. Durante ese año se diría adiós al Lluís Sitjar, el estadio que había dado cobijo al equipo durante más de cinco décadas.
El campeonato 99-00 dio paso al estreno de la nueva 'casa' bermellona: el estadio de Son Moix. Ese año el nuevo feudo mallorquinista vería al conjunto bermellón disputar una previa de Champions. El rival fue el Molde noruego, que frenó en seco las aspiraciones del Mallorca, y lo relegó a disputar la Copa de la UEFA. En la segunda competición continental se conseguirían históricas victorias como las de Amsterdam al Ajax y la del Mónaco. En Liga se recuerda el primer triunfo de la historia (0-3) en el Camp Nou. Esa misma temporada debutó en el primer un imberbe Diego Tristán, que destacaba en el filial, y aterrizó en la isla un jovencísimo camerunés que respondía al nombre de Samuel Etoo.
