La Guerra Civil no sorprendió a los jugadores mallorquines de vacaciones, ya que en julio de 1936 todavía se disputaba la Copa Presidente de la República (que ganó el Baleares); además algunos partían a Barcelona el mismo día 18 de julio para participar en la Olimpiada Popular, una competición internacional paralela a los Juegos de Berlín.
Pronto el panorama futbolístico en todo el Estado fue desolador: la liga 1936-1937 no empezó, y se celebraron campeonatos regionales o partidos benéficos en ambas zonas contendientes.
En 1937 se organizó en la zona republicana la Copa España Libre, ganada por el Levante; por su parte en la zona franquista se celebró en 1939 el Torneo Nacional de Fútbol, que ganó el Sevilla.
El campeonato regional de 1937-1938 empezó en diciembre y participaron el Mallorca, el Balears, el Athlètic, la Gimnàstica de Felanitx y el CD Soledad. El Correo de Mallorca propuso que cada uno de estos clubs dedicara la recaudación de la taquilla en beneficio de los soldados mallorquines en el frente.
El Mallorca ganó los campeonatos de 1936-1937 y 1937-1938. El equipo titular de la temporada 1937-1938 lo conformaron Abad, Alzamora, Liras, Pueyo, Guzmán, Mesquida, Pocoví, Felipe, D. Oliver, Gomila i Berrocal.
Reestructuración
Tras finalizar la guerra, el fútbol español sufrió una profunda reestructuración: el Mallorca y el Constància fueron inscritos en el Grupo III de Segunda División, con el Levante, el Sabadell, el Girona, el Castellón, el Granollers y el Badalona.
El Mallorca descendió y la permanencia del Constància molestó a la afición bermellona, un episodio más de su eterna rivalidad. El equipo titular del Mallorca de la temporada 1939-1940 fue Poncio o Estabens, Vázquez, Mesquida, Pueyo, De la Rubia, Parera, Alzamora, Planas, Felipe, Leal y Pau Vidal.
En septiembre de 1940 el Real Madrid jugó por primera vez en el campo de Bons Aires. Disputaron dos amistosos en los que derrotó 1-2 y 0-2 al CD Mallorca.
En marzo de 1941 el Mallorca celebró sus bodas de plata y la temporada 1941-1942 quedó campeón de Mallorca y de Balears, pero no ascendió a Segunda tras perder con el Terrassa; finalmente, la temporada 1942-1943 fue nefasta y se dieron de baja centenares de socios. La Federación Balear destituyó al presidente Homar y Antoni Moner formó una gestora provisional. Entonces se inició la etapa presidencial de Lluís Sitjar Castellà (1943-1946).
El 23 de septiembre de 1945 se inaugura oficialmente Es Fortí con una victoria ante el Xerez.
